Особый расцвет звенигородской обители на Сторожах связан с любовью к ней второго царя династии Романовых Алексея Михайловича. Первый его приезд в Саввин монастырь состоялся в начале декабря 1645 г. – почти через два месяца после венчания на царство. Тогда царю было 16 лет. За все время правления царя Алексея Михайловича известно 46 его приездов в Саввин монастырь. Однако первые годы главным содержанием Саввинских походов было не только богомолье, но и охотничьи забавы. Любовь к охоте, и особенно к медвежьим потехам, Алексей Михайлович унаследовал от своего отца – царя Михаила Феодоровича. А взрастил в царе эту любовь его воспитатель боярин Борис Иванович Морозов, который приглашал юного царя в свое имение, село Павловское, располагавшееся неподалеку от Звенигорода. Здесь он устраивал для своего воспитанника зрелищные медвежьи бои. Параллельно в рамках Саввинских походов организовывалась и царская охота на птиц.

По легенде, в одну из таких охот, в ранний период Савинских походов, между декабрем 1645 г. и ноябрем 1647 г., следует связывать чудесное избавление царя преподобным Саввой. Согласно преданию, когда юный царь остался в лесу один, на него накинулся медведь. От гибели царя спасло появление неизвестного старца, назвавшегося Саввой. Увидев его, зверь убежал. Поиски царем старца в монастыре закончились безуспешно. Но взглянув в соборе на образ преподобного, царь понял, что его спасителем был сам святой. Побывавший вместе со своим отцом, патриархом Антиохийским Макарием, в обители на Сторожах в январе 1656 г. архидьякон Павел Алеппский передает лично слышанные им слова царя по этому поводу: «Царь очень любит этот монастырь, как он рассказывал, ему раньше было чудо от святого, и по этой причине он всецело предался устроению монастыря».

В ноябре 1647 г. открывается летопись богатых царских вкладов в обитель. 17 ноября 1647 г. в царицыной мастерской начата работа над надгробным покровом, покров был закончен 30 ноября 1648 г. и, скорее всего, в декабре 1648 г. привезен в Саввин монастырь. 1649 годом датированы царские указы о начале печатания на Московском печатном дворе Жития преподобного Саввы. В 1649 г. по царскому повелению заново расписываются интерьеры монастырского Рождественского собора и мастерами Оружейной палаты создается иконостас. В том же году было закончено изготовление драгоценного оклада напрестольного Евангелия, созданного по образцу грозненского Евангелия, вложенного в кремлевский Благовещенский собор, а также были изготовлены украшенные вкладными надписями лампада «пред чудотворный образ что у гроба преподобного ж Савы Сторожевского» и водосвятная чаша, а в 1650 г. – золотой евхаристический набор, напрестольный крест-мощевик и три кадила. Указом апреля 1650 г. об устройстве кирпичных заводов и сооружении каменного города начато масштабное строительство в обители. В результате в монастыре, площадь которого увеличивается почти в два раза, возводятся кирпичные стены с семью башнями, хоромы царя и царицы, монашеские кельи, обширная трехэтажная трапезная с белокаменным подклетом, звонница, Преображенская и Троицкая церкви, больничный корпус с церковью Иоанна Лествичника. В 1651 г. царь повелел колокольному мастеру Гансу Фальку отлить для звенигородского монастыря благовестный колокол.

Кульминацией этой многолетней деятельности государя по украшению обители стало обретение мощей преподобного Саввы, состоявшееся 19 января 1652 г. при участии самого царя, а также патриарха Иосифа и Новгородского митрополита Никона. Царь был не только инициатором обретения мощей, но и непосредственным участником торжества – он сам вынимал мощи из земли. После этого заботы царя об обители не прекращаются. В 1668 г. под руководством мастера Александра Григорьева взамен старого на территории монастыря был отлит новый благовестный колокол весом 2125 пудов. Этот колокол стал символом Звенигорода, а в 1781 г. его изображение было помещено на гербе города. [(Для звукового текста) Упоминавшиеся уже воспоминания архидиакона Павла Алеппского – самый ценный источник по истории царского богомолья в Звенигород в XVII в. В глазах архидиакона царь, который «всю душу положил» на построение монастыря, представляется негласным руководителем монастыря. Царь открыто называет монастырь своим, он знает по имени всех насельников, не только находящихся в священном сане, но и простых монахов и даже поваров. И это неспроста, ведь даже постриг в Саввине монастыре совершался тогда по царскому распоряжению.

Находясь в обители, царь присутствует за всеми богослужениями и активно участвует в них если не пением и чтением, то указывая, как следует петь и читать. Царь за службой ругает чтеца «самыми русскими» словами за неправильные формулировки, указывает присутствующим, когда следует сидеть. «От начала и до конца службы он учил монахов обрядам и говорил, обходя их: «Читайте то-то, пойте такой-то канон, такой-то ирмос, такой-то тропарь, таким-то гласом». Если они ошибались, он поправлял их с бранью… Словом, он был как бы типикарием, т.е. учителем типикона (уставщиком), обходя и уча монахов. Он зажигал и тушил свечи и снимал с них нагар». Самого иностранного гостя царь учит, как ему правильно следует кадить и в какой последовательности подавать для поклонения Евангелие, а также повелевает ему произносить возгласы по-русски. Не только дьякона, но и патриарха царь берется наставлять в правильном исполнении русских богослужебных традиций. Царь входит в алтарь и разговаривает во время службы со служащими. После службы сам открывает раку и прикладывается к мощам.

Вне богослужения государь также активно участвует в жизни обители. Он лично угощает за трапезой отцов монастыря, передает блюда и яства патриарху, чтобы тот раздавал их сановникам, прислуживает нищим. Царь приглашает патриарха посетить монастырскую больницу, и в то время, как гостям «от сильного, отвратительного и зловонного запаха» хотелось убежать оттуда, показывает в ней чудеса «святости и смирения», целуя каждого больного в голову, уста и руки. Наконец, при отъезде из монастыря царь собственноручно раздает милостыню выстроившимся провожать его иереям, дьяконам, простым монахам и нищим.]

Царь Алексей Михайлович – яркий пример правителя эпохи абсолютной монархии. Его искренние любовь и забота об обители стали причиной ее высокого статуса во все последующие времена. В 1651–1658 гг. к Саввину монастырю были приписаны 15 монастырей в Москве, в Звенигородском, Дмитровском, Рязанском, Ладожском, Суздальском уездах, в Псковской, Тамбовской, Тульской, Костромской губерниях. Потомки царя Алексея – цари Феодор, Иоанн и Петр Алексеевичи послушно продолжали отцовские традиции Саввинских богомольных походов, ведь верность заложенному отцом благочестивому правилу служила основой укрепления и их власти. В своей грамоте 1686 г., хранившейся прежде в монастырском архиве, цари Петр и Иоанн Алексеевичи так оценивают исключительное положение звенигородской обители: «в тот монастырь наше великих государей пришествие бывает почасту и при иных монастырех тот монастырь нашею великих государей милостию отменен, а иным монастырем то в образец не ставить».