Звенигород возник как город на территории своего кремля, который сейчас чаще называют Городком (такое имя относительно звенигородского детинца употребляется с конца XIX века). Благодаря археологическим изысканиям ХХ века сейчас уже нет никаких сомнений, что некое протогородское поселение появилось здесь еще в XII столетии, хотя письменные документы этого периода не содержат о нем никаких упоминаний. Ранний слой культурных напластований городской крепости содержит керамику, характерную для середины XII века и имеющую особый княжеский знак рюриковичей, находки стеклянных браслетов, замки домонгольского типа и другие предметы. 

К XII же веку археологи относят и постройку первых оборонительных сооружений. По мнению Н. Н. Воронина и И. А. Ильина, стены крепости строили те же мастера, что и пояс укреплений XII века во Владимире. При этом город был «сторожем Владимиро-Суздальской земли еще тогда, когда Москва была простой княжеской усадьбой». Б. А. Рыбаков, проводивший в Звенигороде раскопки в 1943–1945 гг., полагал иначе: Звенигород в то время был крайней северо-восточной точкой Черниговского княжества и пограничным пунктом с владениями владимирских князей. Все историки сходятся на том, что в XII веке город был незначительным населенным пунктом. Размеры его посадов, расположенных вблизи крепости, невелики. Скорее всего, Звенигород в этот период был княжеским центром, с помощью которого осуществлялся контроль за окрестной территорией. Этим можно объяснить и «молчание» о нем в дошедших до нас летописях и других документах.

Носил ли тогда этот княжеский центр имя Звенигорода, точно сказать нельзя, хотя многие исследователи свои размышления о звуковом наименовании города делают иллюстрацией именно к этому временному периоду. Столь красивое имя города некоторые производят от звона пограничного сторожевого колокола, «приводившего своим звоном к вооружению местную рать». Такой колокол мог висеть на специальной башне на горе Сторόже. Неспроста ведь она получила такое наименование! Но кроме этого красивого предположения, никаких подлинных сведений об этой башне мы не имеем. Другое, более распространенное объяснение названия города связано с возможностью принесения родных и дорогих для уха названий переселенцами с юга Руси, где было не менее четырех селений с таким же именем.